Pelayanan Maternal-Perinatal RSUD Kota Yogyakarta menjadi rumah sakit rujukan regional dengan kasus maternal-perinatal untuk wilayah Yogyakarta, Bantul,Sleman,Kulonprogo dan Gunung Kidul dan merupakan pelayanan PONEK Tipe 2B. Berdasarkan data dari Instalasi Maternal-Perinatal rumah sakit, jumlah pasien maternal atau pasien persalinan di RSUD Kota Yogyakarta pada tahun 2017 sebanyak 969 pasien, sedangkan untuk jumlah pasien Perinatal atau jumlah kelahiran di RSUD Kota Yogyakarta pada Tahun 2017 sebesar 1051 pasien.
Instalasi Haemodialisa di RSUD Kota Yogyakarta sudah tersedia sejak tahun 2006 sebagai salah satu layanan unggulan dengan tujuan untuk meningkatkan kualitas hidup dan memperpanjang umur produktif bagi pasien-pasien yang mengalami gangguan fungsi ginjal. Fungsi ginjal yang terganggu atau rusak dengan teknologi tinggi berupa terapi hemodialisa menjadi solusi pengganti fungsi ginjal untuk mengeluarkan sisa-sisa metabolisme dari peredaran darah manusia seperti air, natrium, kalium, hidrogen, ureum, kreatinin, asam urat, dan zat-zat lain melalui membran semi permiabel sebagai pemisah darah dan cairan dialisat pada ginjal buatan dimana terjadi proses difusi, osmosis dan ultra filtrasi. Hemodialisa merupakan sebuah metode untuk membuang sisa-sisa metabolisme tubuh yang tidak terpakai dari dalam darah pada kondisi tertentu seperti penurunan fungsi ginjal hingga gagal ginjal akut maupun kronis.