Rumah Sakit Umum Daerah kota Yogyakarta beralamatkan di Jalan Wirosaban Nomor 1 Yogyakarta berdiri sejak tanggal 1 Oktober 1987. Merupakan pengembangan dari Klinik Bersalin Tresnowati yang beralamatkan di Jalan Letkol Sugiyono Yogyakarta, menjadi RSUD dengan tipe Kelas D dan dikenal sebagai Rumah Umum Tipe C milik Pemerintah Kota Yogyakarta dengan SK Menkes RI No. 496/Menkes/SK/V/1994. Keberadaan RSUD dikukuhkan dengan Peraturan Daerah No.1 Tahun 1966 sebagai UPT dari Dinas Kesehatan Kota Yogyakarta.

RSUD Kota Yogyakarta ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah dengan Penetapan menjadi PPK secara penuh BLUD oleh Keputusan Walikota Yogyakarta Nomor 423/Kep/2007 tanggal 21 September 20017 dan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 59 tahun 2007 tentang Pedoman Teknis PPK BLUD RSUD.

Perkembangan dan penambahan jenis dan jumlah tenaga dokter spesialis, penambahan jenis pelayanan, sarana dan prasarana rumah sakit, membawa RSUD Kota Yogyakarta meningkat kelasnya menjadi Rumah Sakit Kelas B berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 1214/Menkes/SK/IX/2007tanggal28 November 2007. Dengantelah ditetapkannya Rumah Sakit UmumDaerah Kota Yogyakarta menjadi Rumah Sakit Kelas B maka susunan dan tata kerja organisasi telah disempurnakan dengan Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 9 Tahun 2008 tentang Pembentukan, Susunan, Kedudukan dan Tugas Pokok Lembaga Teknis Daerah yang sudah sesuai peraturan Pemerintah No.41 Tahun 2007.

Berdasarkan Keputusan Walikota Yogyakarta Nomor 337/KEP/2010 tanggal 8 Juni 2010 RSUD Kota Yogyakarta memiliki Brand Namesebagai Rumah Sakit Jogja. Pada perkembangannya, pada tahun 2014 status RSUD Kota Yogyakarta berubah menjadi Rumah Sakit Jogja. Pada perkembangannya, pada tahun 2014 status RSUD Kota Yogyakarta berubah menjadi Rumah Sakit Tipe B Pendidikan berdasarkan Kepmenkes Nomor HK.02.03/I/0233/2014 tertanggal 21 Februari 2014. Predikat terakhir yang diperoleh adalah penetapan RSUD Kota Yogyakarta (Rumah SakitJogja) sebagai Rumah Sakit Rujukan Regional untuk wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan surat Keputusan Dirjen Bina Upaya Kesehatan Kementerian Kesehatan Nomor Hk.02.03/I/0363/2015. Sehubungan hal tersebut, RSUD Kota Yogyakarta telah ditetapkan sebagai pengampu rujukan medik dan Transfer of Knowledge dari rumah sakit dibawahnya sesuai ketentuan yang berlaku.

RSUD Kota Yogyakarta terus memacu terwujudnya mutu pelayanan dan telah mendapatkan status bersertifikasi dari British Standard Institution (bsi.)ISO 9001:2008 tertanggal 24 Desember 2015 untuk penyediaan pelayanan kesehatan Rawat Inap, Rawat Jalan, Gawat Darurat beserta proses pendukungnya. Kemudian pada tanggal 12 Mei 2016 RSUD Kota Yogyakarta telah mendapatkan sertifikasi dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) versi 2012 dengan perdikat PARIPURNA.

Pada tahun 2019 RSUD Kota Yogyakarta semakin memantapkan kualitas pelayanannya dengan mendapatkan pengakuan dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) bahwa RSUD Kota Yogyakarta memenuhi Standar Akreditasi Rumah Sakit versi SNARS Edisi I dan dinyatakan LULUS PARIPURNA bintang 5 (lima) dan tertuang dalam sertifikat nomor KARS-SERT/544/V/2019 tertanggal 21 Mei 2019.

Di masa pandemi Covid-19, RSUD Kota Yogyakarta di tetapkan sebagai Rumah Sakit Rujukan Covid-19 melalui Keputusan Menteri KesehatanRepublik Indonesia Nomor HK.01.07/MENKES/169/2020 tentang Penetapan Rumah Sakit Rujukan Penanggulangan Penyakit Infeksi Emerging Tertentu.