Reformasi Birokrasi merupakan upaya sistematis, terpadu dan konprehensif untuk mewujudkan pemerintahan yang baik (good governance) yang meliputi aspek kelembagaan, sumber daya manusia aparatur, ketatalaksanaan, akuntabilitas, pengawasan dan pelayanan publik.

Dalam melakukan Reformasi Birokrasi untuk mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik disusun rencana aksi yang berisi rencana pelaksanaan operasional Reformasi Birokrasi selama 1 (satu) tahun.

Dalam pelaksanaan Reformasi dan Birokrasi di RSUD Kota Yogyakarta diterjemahkan dalam 8 area perubahan yaitu:

1. Manajemen Perubahan
2. Penataan Peraturan Perundang-Undangan
3. Penataan Dan Penguatan Organisasi
4. Penataan Tata Laksana
5. Penataan Sistem Manajemen SDM
6. Penguatan Akuntabilitas
7. Penguatan Pengawasan
8. Peningkatan Kualitas Pelayanan Publik